身体主人是一个长期熬夜加班的中年程序员，体内细胞环境濒临崩溃。红细胞新人AE3803迷路次数再创新高，白细胞U-1146战斗力升级但也开始思考“为什么要杀”。本季最大冲击是“癌细胞”登场——他原本是一个正常细胞，因主人长期压力突变，被免疫系统追杀。癌细胞不想死，他收集记忆碎片后发现，自己保留着主人的童年记忆，甚至知道主人失去初恋的原因。白细胞多次抓到他又放手，其他细胞争议是否该杀“有感情的异类”。而癌细胞最终选择牺牲自己，触发主人免疫系统自我修复。最后一集，所有细胞为他默哀，白细胞流下了第一滴“眼泪”。
这一季封神了！癌细胞线把科普升华到哲学层面。血小板的卖萌场面减少，但故事深度大幅提升，科普硬核又感人，大人小孩都能看哭。
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